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La plupart des superordinateurs ont un très grand nombre de processeurs et Linux peut être configuré pour fonctionner très bien avec une multitude de processeurs.

Dans les années 90, IBM était convaincu (pour de très bonnes raisons) que Linux était son avenir. Ils ont abandonné leur système d'exploitation propriétaire et ont commencé à contribuer au développement de Linux en open source. En 1999, IBM a acheté Sequent Computer Systems, qui était un leader dans le domaine du multitraitement à grande échelle et de l'architecture de mémoire non uniforme. La technologie de Sequent était impressionnante - jusqu'alors, les multiprocesseurs souffraient de rendements décroissants dramatiques à 4 ou 6 cœurs, tandis que le système d'exploitation basé sur Unix de Sequent présentait une augmentation presque linéaire des performances jusqu'à la limite matérielle de 64 cœurs.

Maintenant propriété d'IBM, les anciens ingénieurs de Sequent ont intégré leur technologie à grande échelle dans Linux. Ainsi, Linux est devenu le produit phare des superordinateurs.

Windows fonctionne sur les ordinateurs à grande échelle, mais comme un grand nombre de machines virtuelles plutôt que comme un système d'exploitation global. De multiples instances de Windows fonctionnent, chacune pensant n'avoir qu'une poignée de cœurs. Ces multiples instances peuvent faire beaucoup de choses individuellement, mais elles ne peuvent pas coopérer sur un seul gros problème comme peut le faire Linux. Windows souffre de rendements décroissants, même si le nombre de cœurs qu'il peut utiliser efficacement a augmenté.

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